לליקויי למידה יש הסבר נוירולוגי.
מחקרים מנסים למצוא את התשובות לשאלה הזו.
לליקויי למידה יש מרכיב תורשתי;
הורים שבילדותם התקשו בלמודים, ישנה סבירות גבוהה שגם ילדיהם יציגו קשיים דומים. 
סיבוכים בזמן ההריון והלידה, איבוד חמצן יכולים לגרום בהמשך לליקויי למידה.
מחקרים מנסים למצוא מאפיינים כבר בשלב העוברות שינבאו מי יהיה ליקוי למידה ומי לא.
ליקויי למידה לא נובעים מקשיים כלכליים, בעיות רגשיות או משיטת הוראה לקויה. כל אלה יכולים להחמיר את הבעיה, אך לא לגרום לה.
זיהוי מוקדם של הקשיים חשוב על מנת למנוע רגשי אשם ולתת מענה מתאים להתמודדות.